Τα τέλη φοίτησης του Δ.Π.Μ.Σ. για κάθε μεταπτυχιακό φοιτητή ανέρχονται στο ποσό των 2.290,00 € ευρώ και καλύπτουν μεγάλο μέρος του ετήσιου κόστους λειτουργίας του. Μετά από σχετική αιτιολογημένη εισήγηση του Διευθυντή του Δ.Π.Μ.Σ. και αντίστοιχη έγκριση της Ε.Π.Σ. τα δίδακτρα μπορούν να αναπροσαρμόζονται κατ’ έτος, ανάλογα με την οικονομική συγκυρία και τις λειτουργικές ανάγκες του Προγράμματος. Η καταβολή των διδάκτρων γίνεται σε τρεις ισόποσες δόσεις: η πρώτη κατά την εγγραφή στο Π.Μ.Σ. και οι λοιπές με την έναρξη των εξαμήνων σε ειδικό λογαριασμό της Επιτροπής Ερευνών του Πανεπιστημίου. Τα τέλη φοίτησης αξιοποιούνται για τις ανάγκες που ανακύπτουν